Bases descentralizadas - Filial cadastrada em outro Software

Alguém poderia me ajudar nessa situação?

A empresa tem uma filial que envia as informações para o eSocial por um outro software, já enviou os leiautes de tabela, Não periódicos e enviou os leiautes S-1200 e S-1210 dos colaboradores, porém se o mesmo efetuar o fechamento A filial matriz que está cadastrada no Senior irá retornar com erro devido o CNPJ raiz ser o mesmo.

Alguém sabe me informar como faço para Unificar esses eventos e enviar?
Desde Já agradeço,